Pilze sind als dominante Organismen im Abbau organischer Kohlenstoffverbindungen in terrestrischen Ökosystemen bekannt. Ihre Rolle im aquatischen Lebensraum ist jedoch weitestgehend unerforscht. Verschiedene Um- welt- und Diversitätsstudien zeigen ihr Vorhandensein in einer Großzahl aquatischer Habitate und heben den Mangel an Informationen über das Reich der Pilze hervor. In vergangenen Jahren wurde ein vollständig neuer Stamm, die Cryptomycota, in nahezu allen genommenen Wasserproben entdeckt. Insbesondere technische biologische Systeme erfordern eine Betrachtung der gesamten mikrobiologischen Gemeinschaft, um die Prozesse zu verstehen und im Folgenden eine Optimierung zu ermöglichen. Das übergeordnete Ziel der Arbeit ist es, einen Einblick und besseres Verständnis der Pilze in Kläranlagen mit einem Fokus auf Cryptomycota zu erlangen. Down-flow hanging sponge (DHS) Reaktoren dienen als Modellsystem um einen Einblick in die mikrobielle Kommunity und das Interaktionsnetzwerk zwischen Pilzen und anderen Mikroorganismen zu erlangen. Eine zuverlässige qPCR Methode zur Qunatifikation der Cryptomycota wurde entwickelt. Die Analyse der Reaktorleistung und umfassende quantitative und qualitative (Illumina Sequenzierung) DNS und cDNS Studien über Reaktorhöhe und Betriebszeit wurden durchgeführt. Dies schafft Einsicht in die Diversität und Abundanz existierender Mikroorganismen. Korrelationsanalysen werden desweiteren verwendet, um die Funktion der Cryptomycota zu untersuchen.